Département de Biochimie

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Browsing Département de Biochimie by Author "AZEDDINE GHERS"

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    ETUDE DES RESAUX TRANSCRIPTIONNELS ISSUS DES EXPERIMENTATIONS DES PUCES A ADN
    (2007) AZEDDINE GHERS
    L’étude de la régulation de l'expression génique à l’échelle d’un génome complet, reste un des principaux problèmes de l'ère de la génomique fonctionnelle. Un des niveaux de régulation des gènes est constitué par l’action activatrice ou inhibitrice de facteurs de transcription, qui se fixent sur des sites spécifiques situés dans les régions promotrices des gènes. Les études de transcriptomes, c’est à dire la quantification de l'expression génique à grande échelle, dans des conditions biologiques variés et pour des instants multiples, pourrait nous donner une image affinée de la régulation génique à l'intérieur des cellules. Notre laboratoire a construit, à partir de milliers de biopuces Affymetrix relatives à plusieurs espèces et conditions biologiques, des réseaux transcriptionnels via la variation de la sur ou sous expression simultanée (corrélation positive, CORR) ou la sur ou sous expression inverse (corrélation négative, ANTI) de chaque couple de probesets. Les principaux objectifs de cette étude : L’amélioration de nos réseaux transcriptionnels par filtrations des annotations et des assignations des jeux de sondes (probesets) déposés sur les différents modèles de puces. La mise en évidence des sous ensembles de gènes co-régulés par l’action de facteurs de transcriptions et/ou des sites consensus de fixation de facteurs de transcription. Les principaux résultats : Les annotations des probesets nous ont montré que les sondes correspondantes à un probeset sont en fait localisées à des endroits différents. Nous avons classé les gènes pour lesquels un probeset a le plus grand nombre de sondes et nous avons constaté que certaines sondes sont parfois répétées un grand nombre de fois dans le génome à l'intérieur et à l'extérieur des gènes. Nous pensons que cette information qui n'avait jamais été rassemblée et exploitée auparavant permettra de mieux comprendre l’origine de la non reproductibilité des résultats que nous avons constatée entre des probesets qui représentent à priori le même gène. Une étude préliminaire a montré qu'il y avait un lien entre le score de corrélation entre deux gènes du réseau transcriptionnel et la présence dans leurs séquences promotrices de motifs de régulation communs. Les principales conclusions et perspectives sont : La partie du travail effectuée a permis de rassembler les informations indispensables à la poursuite de ce travail. Il reste maintenant à approfondir et diversifier, grâce au matériel accumulé au cours de ce stage, les thèmes de recherches concernant la qualité des sondes et le rôle des motifs de régulation dans les séquences promotrices.